TY  - JOUR
AU  - Gaulton, K. J.
AU  - Ferreira, T.
AU  - Lee, Y.
AU  - Raimondo, A.
AU  - Magi, R.
AU  - Reschen, M. E.
AU  - Mahajan, A.
AU  - Locke, A.
AU  - William Rayner, N.
AU  - Robertson, N.
AU  - Scott, R. A.
AU  - Prokopenko, I.
AU  - Scott, L. J.
AU  - Green, T.
AU  - Sparso, T.
AU  - Thuillier, D.
AU  - Yengo, L.
AU  - Grallert, H.
AU  - Wahl, S.
AU  - Franberg, M.
AU  - Strawbridge, R. J.
AU  - Kestler, H.
AU  - Chheda, H.
AU  - Eisele, L.
AU  - Gustafsson, S.
AU  - Steinthorsdottir, V.
AU  - Thorleifsson, G.
AU  - Qi, L.
AU  - Karssen, L. C.
AU  - van Leeuwen, E. M.
AU  - Willems, S. M.
AU  - Li, M.
AU  - Chen, H.
AU  - Fuchsberger, C.
AU  - Kwan, P.
AU  - Ma, C.
AU  - Linderman, M.
AU  - Lu, Y.
AU  - Thomsen, S. K.
AU  - Rundle, J. K.
AU  - Beer, N. L.
AU  - van de Bunt, M.
AU  - Chalisey, A.
AU  - Kang, H. M.
AU  - Voight, B. F.
AU  - Abecasis, G. R.
AU  - Almgren, P.
AU  - Baldassarre, D.
AU  - Balkau, B.
AU  - Benediktsson, R.
AU  - Bluher, M.
AU  - Boeing, H.
AU  - Bonnycastle, L. L.
AU  - Bottinger, E. P.
AU  - Burtt, N. P.
AU  - Carey, J.
AU  - Charpentier, G.
AU  - Chines, P. S.
AU  - Cornelis, M. C.
AU  - Couper, D. J.
AU  - Crenshaw, A. T.
AU  - van Dam, R. M.
AU  - Doney, A. S.
AU  - Dorkhan, M.
AU  - Edkins, S.
AU  - Eriksson, J. G.
AU  - Esko, T.
AU  - Eury, E.
AU  - Fadista, J.
AU  - Flannick, J.
AU  - Fontanillas, P.
AU  - Fox, C.
AU  - Franks, P. W.
AU  - Gertow, K.
AU  - Gieger, C.
AU  - Gigante, B.
AU  - Gottesman, O.
AU  - Grant, G. B.
AU  - Grarup, N.
AU  - Groves, C. J.
AU  - Hassinen, M.
AU  - Have, C. T.
AU  - Herder, C.
AU  - Holmen, O. L.
AU  - Hreidarsson, A. B.
AU  - Humphries, S. E.
AU  - Hunter, D. J.
AU  - Jackson, A. U.
AU  - Jonsson, A.
AU  - Jorgensen, M. E.
AU  - Jorgensen, T.
AU  - Kao, W. H.
AU  - Kerrison, N. D.
AU  - Kinnunen, L.
AU  - Klopp, N.
AU  - Kong, A.
AU  - Kovacs, P.
AU  - Kraft, P.
AU  - Kravic, J.
AU  - Langford, C.
AU  - Leander, K.
AU  - Liang, L.
AU  - Lichtner, P.
AU  - Lindgren, C. M.
AU  - Lindholm, E.
AU  - Linneberg, A.
AU  - Liu, C. T.
AU  - Lobbens, S.
AU  - Luan, J.
AU  - Lyssenko, V.
AU  - Mannisto, S.
AU  - McLeod, O.
AU  - Meyer, J.
AU  - Mihailov, E.
AU  - Mirza, G.
AU  - Muhleisen, T. W.
AU  - Muller-Nurasyid, M.
AU  - Navarro, C.
AU  - Nothen, M. M.
AU  - Oskolkov, N. N.
AU  - Owen, K. R.
AU  - Palli, D.
AU  - Pechlivanis, S.
AU  - Peltonen, L.
AU  - Perry, J. R.
AU  - Platou, C. G.
AU  - Roden, M.
AU  - Ruderfer, D.
AU  - Rybin, D.
AU  - van der Schouw, Y. T.
AU  - Sennblad, B.
AU  - Sigurethsson, G.
AU  - Stancakova, A.
AU  - Steinbach, G.
AU  - Storm, P.
AU  - Strauch, K.
AU  - Stringham, H. M.
AU  - Sun, Q.
AU  - Thorand, B.
AU  - Tikkanen, E.
AU  - Tonjes, A.
AU  - Trakalo, J.
AU  - Tremoli, E.
AU  - Tuomi, T.
AU  - Wennauer, R.
AU  - Wiltshire, S.
AU  - Wood, A. R.
AU  - Zeggini, E.
AU  - Dunham, I.
AU  - Birney, E.
AU  - Pasquali, L.
AU  - Ferrer, J.
AU  - Loos, R. J.
AU  - Dupuis, J.
AU  - Florez, J. C.
AU  - Boerwinkle, E.
AU  - Pankow, J. S.
AU  - van Duijn, C.
AU  - Sijbrands, E.
AU  - Meigs, J. B.
AU  - Hu, F. B.
AU  - Thorsteinsdottir, U.
AU  - Stefansson, K.
AU  - Lakka, T. A.
AU  - Rauramaa, R.
AU  - Stumvoll, M.
AU  - Pedersen, N. L.
AU  - Lind, L.
AU  - Keinanen-Kiukaanniemi, S. M.
AU  - Korpi-Hyovalti, E.
AU  - Saaristo, T. E.
AU  - Saltevo, J.
AU  - Kuusisto, J.
AU  - Laakso, M.
AU  - Metspalu, A.
AU  - Erbel, R.
AU  - Jocke, K. H.
AU  - Moebus, S.
AU  - Ripatti, S.
AU  - Salomaa, V.
AU  - Ingelsson, E.
AU  - Boehm, B. O.
AU  - Bergman, R. N.
AU  - Collins, F. S.
AU  - Mohlke, K. L.
AU  - Koistinen, H.
AU  - Tuomilehto, J.
AU  - Hveem, K.
AU  - Njolstad, I.
AU  - Deloukas, P.
AU  - Donnelly, P. J.
AU  - Frayling, T. M.
AU  - Hattersley, A. T.
AU  - de Faire, U.
AU  - Hamsten, A.
AU  - Illig, T.
AU  - Peters, A.
AU  - Cauchi, S.
AU  - Sladek, R.
AU  - Froguel, P.
AU  - Hansen, T.
AU  - Pedersen, O.
AU  - Morris, A. D.
AU  - Palmer, C. N.
AU  - Kathiresan, S.
AU  - Melander, O.
AU  - Nilsson, P. M.
AU  - Groop, L. C.
AU  - Barroso, I.
AU  - Langenberg, C.
AU  - Wareham, N. J.
AU  - O'Callaghan, C. A.
AU  - Gloyn, A. L.
AU  - Altshuler, D.
AU  - Boehnke, M.
AU  - Teslovich, T. M.
AU  - McCarthy, M. I.
AU  - Morris, A. P.
AU  - Replication, D. I. A. G.
AU  - Meta-analysis, C.
PY  - 2015
DA  - 2015//
TI  - Genetic fine mapping and genomic annotation defines causal mechanisms at type 2 diabetes susceptibility loci
T2  - Nature genetics
JO  - Nat Genet
SP  - 1415
EP  - 1425
VL  - 47
IS  - 12
CY  - Wellcome Trust Centre for Human Genetics, University of Oxford, Oxford, UK.Department of Genetics, S
KW  - HUNT2
KW  - metabochip
KW  - Binding Sites
KW  - Case-Control Studies
KW  - Chromatin Immunoprecipitation
KW  - *Chromosome Mapping
KW  - Diabetes Mellitus
KW  - Type 2/*genetics
KW  - Gene Expression Regulation
KW  - *Genetic Loci
KW  - *Genetic Predisposition to Disease
KW  - Genome-Wide Association Study
KW  - Genomics
KW  - Hepatocyte Nuclear Factor 3-beta/*genetics/metabolism
KW  - Humans
KW  - Islets of Langerhans/metabolism/pathology
KW  - Liver/metabolism/pathology
KW  - Molecular Sequence Annotation
KW  - Polymorphism
KW  - Single Nucleotide/*genetics
KW  - Receptor
KW  - Melatonin
KW  - MT2/*genetics/metabolism
AB  - We performed fine mapping of 39 established type 2 diabetes (T2D) loci in 27,206 cases and 57,574 controls of European ancestry. We identified 49 distinct association signals at these loci, including five mapping in or near KCNQ1. 'Credible sets' of the variants most likely to drive each distinct signal mapped predominantly to noncoding sequence, implying that association with T2D is mediated through gene regulation. Credible set variants were enriched for overlap with FOXA2 chromatin immunoprecipitation binding sites in human islet and liver cells, including at MTNR1B, where fine mapping implicated rs10830963 as driving T2D association. We confirmed that the T2D risk allele for this SNP increases FOXA2-bound enhancer activity in islet- and liver-derived cells. We observed allele-specific differences in NEUROD1 binding in islet-derived cells, consistent with evidence that the T2D risk allele increases islet MTNR1B expression. Our study demonstrates how integration of genetic and genomic information can define molecular mechanisms through which variants underlying association signals exert their effects on disease.
UR  - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26551672
UR  - https://doi.org/10.1038/ng.3437
DO  - 10.1038/ng.3437
N1  - Gaulton, Kyle JFerreira, TeresaLee, YejiRaimondo, AnneMagi, ReedikReschen, Michael EMahajan, AnubhaLocke, AdamWilliam Rayner, NRobertson, NeilScott, Robert AProkopenko, IngaScott, Laura JGreen, ToddSparso, ThomasThuillier, DorotheeYengo, LoicGrallert, HaraldWahl, SimoneFranberg, MattiasStrawbridge, Rona JKestler, HansChheda, HimanshuEisele, LewinGustafsson, StefanSteinthorsdottir, ValgerdurThorleifsson, GudmarQi, LuKarssen, Lennart Cvan Leeuwen, Elisabeth MWillems, Sara MLi, ManChen, HanFuchsberger, ChristianKwan, PhoenixMa, ClementLinderman, MichaelLu, YingchangThomsen, Soren KRundle, Jana KBeer, Nicola Lvan de Bunt, MartijnChalisey, AnilKang, Hyun MinVoight, Benjamin FAbecasis, Goncalo RAlmgren, PeterBaldassarre, DamianoBalkau, BeverleyBenediktsson, RafnBluher, MatthiasBoeing, HeinerBonnycastle, Lori LBottinger, Erwin PBurtt, Noel PCarey, JasonCharpentier, GuillaumeChines, Peter SCornelis, Marilyn CCouper, David JCrenshaw, Andrew Tvan Dam, Rob MDoney, Alex S FDorkhan, MozhganEdkins, SarahEriksson, Johan GEsko, TonuEury, ElodieFadista, JoaoFlannick, JasonFontanillas, PierreFox, CarolineFranks, Paul WGertow, KarlGieger, ChristianGigante, BrunaGottesman, OmriGrant, George BGrarup, NielsGroves, Christopher JHassinen, MaijaHave, Christian THerder, ChristianHolmen, Oddgeir LHreidarsson, Astradur BHumphries, Steve EHunter, David JJackson, Anne UJonsson, AnnaJorgensen, Marit EJorgensen, TorbenKao, Wen-Hong LKerrison, Nicola DKinnunen, LeenaKlopp, NormanKong, AugustineKovacs, PeterKraft, PeterKravic, JasminaLangford, CordeliaLeander, KarinLiang, LimingLichtner, PeterLindgren, Cecilia MLindholm, EeroLinneberg, AllanLiu, Ching-TiLobbens, StephaneLuan, Jian'anLyssenko, ValeriyaMannisto, SatuMcLeod, OlgaMeyer, JuliaMihailov, EvelinMirza, GhazalaMuhleisen, Thomas WMuller-Nurasyid, MartinaNavarro, CarmenNothen, Markus MOskolkov, Nikolay NOwen, Katharine RPalli, DomenicoPechlivanis, SonaliPeltonen, LeenaPerry, John R BPlatou, Carl G PRoden, MichaelRuderfer, DouglasRybin, Denisvan der Schouw, Yvonne TSennblad, BengtSigurethsson, GunnarStancakova, AlenaSteinbach, GeraldStorm, PetterStrauch, KonstantinStringham, Heather MSun, QiThorand, BarbaraTikkanen, EmmiTonjes, AnkeTrakalo, JosephTremoli, ElenaTuomi, TiinamaijaWennauer, RomanWiltshire, StevenWood, Andrew RZeggini, EleftheriaDunham, IanBirney, EwanPasquali, LorenzoFerrer, JorgeLoos, Ruth J FDupuis, JoseeFlorez, Jose CBoerwinkle, EricPankow, James Svan Duijn, CorneliaSijbrands, EricMeigs, James BHu, Frank BThorsteinsdottir, UnnurStefansson, KariLakka, Timo ARauramaa, RainerStumvoll, MichaelPedersen, Nancy LLind, LarsKeinanen-Kiukaanniemi, Sirkka MKorpi-Hyovalti, EevaSaaristo, Timo ESaltevo, JuhaKuusisto, JohannaLaakso, MarkkuMetspalu, AndresErbel, RaimundJocke, Karl-HeinzMoebus, SusanneRipatti, SamuliSalomaa, VeikkoIngelsson, ErikBoehm, Bernhard OBergman, Richard NCollins, Francis SMohlke, Karen LKoistinen, HeikkiTuomilehto, JaakkoHveem, KristianNjolstad, IngerDeloukas, PanagiotisDonnelly, Peter JFrayling, Timothy MHattersley, Andrew Tde Faire, UlfHamsten, AndersIllig, ThomasPeters, AnnetteCauchi, StephaneSladek, RobFroguel, PhilippeHansen, TorbenPedersen, OlufMorris, Andrew DPalmer, Collin N AKathiresan, SekarMelander, OlleNilsson, Peter MGroop, Leif CBarroso, InesLangenberg, ClaudiaWareham, Nicholas JO'Callaghan, Christopher AGloyn, Anna LAltshuler, DavidBoehnke, MichaelTeslovich, Tanya MMcCarthy, Mark IMorris, Andrew P(DIAGRAM)eng098395/Wellcome Trust/United KingdomHHSN268201100005C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100006C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100007C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100008C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100009C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100010C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100011C/HL/NHLBI NIH HHS/HHSN268201100012C/HL/NHLBI NIH HHS/K24 DK080140/DK/NIDDK NIH HHS/N01 HC025195/HC/NHLBI NIH HHS/N01 HG065403/HG/NHGRI NIH HHS/N02 HL64278/HL/NHLBI NIH HHS/R01 AG010175/AG/NIA NIH HHS/R01 DK062370/DK/NIDDK NIH HHS/R01 DK072193/DK/NIDDK NIH HHS/R01 DK073490/DK/NIDDK NIH HHS/R01 DK078616/DK/NIDDK NIH HHS/R01 DK098032/DK/NIDDK NIH HHS/R01 HL059367/HL/NHLBI NIH HHS/R01 HL086694/HL/NHLBI NIH HHS/R01 HL087641/HL/NHLBI NIH HHS/U01 DK085526/DK/NIDDK NIH HHS/U01 DK085545/DK/NIDDK NIH HHS/U01 HG004399/HG/NHGRI NIH HHS/U01 HG004402/HG/NHGRI NIH HHS/UL1 RR025005/RR/NCRR NIH HHS/Z01 HG000024-13/Intramural NIH HHS/2015/11/10 06:00Nat Genet. 2015 Dec;47(12):1415-25. doi: 10.1038/ng.3437. Epub 2015 Nov 9.
ID  - Gaulton_etal2015
ER  -